La formation théologique et missiologique à la FATMES au niveau universitaire comprend plusieurs éléments constitutifs à savoir :

Trois disciplines fondamentales

• les Langues bibliques – Grec et Hébreu
• l’Ancien Testament – Introduction, Exégèse, Théologie
• le Nouveau Testament – Introduction, Exégèse, Théologie

Trois disciplines centrales 

• la Missiologie – Histoire, Théologie, Stratégie et Anthropologie
• la Théologie systématique – Prolégomènes, Doctrine de Dieu et de son œuvre créatrice, Sotériologie, Bibliologie, Anthropologie, Ecclésiologie, Eschatologie, Pneumatologie, Angéologie
• l’Ethique – la Loi de Dieu et son application dans la vie des hommes
• Théologie contemporaine – pour

Deux disciplines pratiques 

• la Théologie pratique – Ministère pastoral, Pédagogie, Management, Leadership
• la Spiritualité – Adoration et Discipulat

Deux disciplines générales

• l’Histoire de l’Eglise – l’histoire du peuple de Dieu dans le contexte de l’histoire universelle
• l’Apologétique – comment rendre compte de la Foi et la défendre

Deux disciplines complémentaires

• l’Anglais théologique
• la Philosophie
• l’Introduction à la linguistique
• la Méthodologie du travail intellectuel et spirituel

Trois disciplines facultatives

• la Sociologie
• la Psychologie
• l’Historique de la Pensée théologique